Одмах по његовом оснивању управљање Географским институтом поверено је академику Петру С. Јовановићу, који на челу Института остаје до своје смрти, пуних 10 година. У том периоду, он је успео да постави организацију научно-истраживачког рада у Институту, запосли велики број квалитетних истраживача и постигне запажене научне резултате.
У погледу методолошке организације истраживања у оквирима Института у први план су стављена фундаментална научна истраживања, теоријско-проблемског и регионалног карактераа, а у границама могућности и примењена истраживања. У том периоду, у Институту је поред управника имао осам хонорарних сарадника: проф. др Војислав Радовановић и генерал Стефан Бошковић (дописни чланови САН), др Боривоје Ж. Милојевић, др Павле Вујевић, др Сима Милојевић (универзитетски професори), др Бранислав Букуров (професор Више педагошке школе), Стеван Вујадиновић (кустос Етнографског музеја), Антоније Лазић (картограф), и троје стипендиста: Бранислав Јовановић, Небојша Царић и Раденко Лазаревић.
Први састанак чланова Института одржан је 16. јуна 1947. године, а до краја 1947. године врше се прва теренска истраживања у организацији Института, док крајем године Институт добија и прве просторије и опрему на коришћење. Већ наредне 1948. године у оквиру Института се формирају посебна радна одељења: Физичко-географско, Друштвено-географско, Регионално географско и Картографски одсек. Резултати теренских истраживања су представљани на пленарним састанцима у оквиру Института.
Рад Географског института је детаљно описан у првом петогодишњем извештају (1947-1952. године, Архив ГИ „Јован Цвијић“ САНУ). До 1951. године кадровски капацитети Института се повећавају, те је исте године у њему стално запослено 11 научних радника, четири академика САН, један хонорарни научни сарадник, три хонорарна стручна сарадника, три спољна сарадника и два картографа. Кадровско јачање Института се наставља, па тако у периоду од 1951-1957. године активно ради 21 научни радник и пет спољних сарадника истраживача, као и четири помоћна службеника (Бјељац и др., 2017).
До 1961. године Институт је био у радном саставу Српске академије наука и на буџетском финансирању. Истовремено, Географски институт се и реорганизује тако што преузима целокупно особље, средства, права и обавезе укинутог Завода за крш „Јован Цвијић“ Универзитета у Београду (Службени гласник 18/61, од 29.4.1961.), након чега добија и ново име Географски институт „Јован Цвијић“ САНУ.